Hacia el 11.000 a. C. muchos amerindios llegaron a las tierras salvadoreñas en fases finales de la extensión de la megafauna americana. Estos amerindios eran nómadas venidos de Asia y que había cruzado el Estrecho de Bering durante la Era de Hielo. La primera prueba de actividad humana en el salvador es la Cueva del Espíritu Santo; la pintura es una clara evidencia.
Estos nómadas adaptaron habilidades primitivas durante todo el periodo Paloamericano (el primer periodo de la historia de América), al mismo tiempo que en Europa las primeras culturas desarrollaban la agricultura y ganadería (a igual que en Oriente, China y la India), desarrollaron la caza y la recolección. Vino el segundo periodo a comienzos del milenio VIII, el periodo Arcaico, en el que en El Salvador empezaron a aprender costumbres sedentarias, principalmente por influencia de las culturas y civilizaciones Mesoamericanas.
Hacia el año 1500 a. C., en periodo Formativo (o Preclásico, aunque en El Zalvador se suele usar una periodización diferente; las fases cronológicas del Cerrón Grande), las civilizaciones mesoamericanas eran influyentes en América del Norte mientras que en América del Sur los eran las civilizaciones andinas. En lo que hoy El Salvador hubo influencia mesoamericana durante ese tiempo, también algunas migraciones vinientes de la península de Yucatán, es decir, primeros los olmecas y luego los mayas; también gentes de los actuales estados de Veracruz y Tabasco en México y también de Honduras, Costa rica y Nicaragua. Estos habitantes desarrollaron habilidades sedentarias y la cerámica.
Destacan sitios arqueológicos como El Carmen de orígenes mokayos, la cerámica de Chalchuapa y Finca Rosita de orígenes mayas. A finales del periodo hubo muchos más sitios arqueológicos. Estas gentes eran buenos con la cerámica, vivían del sedentarismo a base agricultura y mantenían divididos por grupos o clanes separados por sus aldeas o asentamiento a base de casas de chozas. Otros sitios sitios arqueológicos a destacar es el Trapiche de Chalchuapa, Ataco, El Imposible, El Cambio, Funca, Loma del Tacuazin, Cerro El Zapote en el Lago Ilopago, Cara Sucia, Cerro Zapote, Nahualin mientras que por las influencias de gentes de Nicaragua y Costa Ricas está el Quelpa, La Florida y Brisas Jiquisco casi todas de tribus lencas y pocos nahuas. Estas gentes, incluyendo mayas desarrollaron una especie sedentarismo complejos, había tribus con lideres y clases sociales que se dividían por sus territorios, mientras que sus hábitos religiosos fueron mayormente de mayas.
Hacia inicios del Clásico estos pueblos fueron abandonados por diversas causas y nuevas influencias llegaron. Siguieron siendo influencias de los mayas que se ubicaban en Yucatán de lo que hoy es México y Guatemala y El Salvador, pues hacia los años 400-500 fue el mayor apogeo de los mayas, de aquí destacan las zonas de como El Cambio, San Andrés, Azacualpa o Chalchuapa mientras que por la influencia propio de Centroamérica la zona del Quelpa. Toma importancia de este periodo la cultura Cotzumalhuapa, que, aunque se ubicaba en lo que hoy es Guatemala, también habitaban en zonas de El Salvador.
Estos grupos todavía eran sedentaritos, aunque ahora ya comerciaban con gentes de la zona, de Centroamérica o los mayas de Yucatán o Teotihuacan. Y desarrollaban como arte la cerámica que eran mayormente rojas y blancas y decoradas con gris, negro o naranja; su forma solía ser figurillas humanas y antropomórficas; eran puntas bifaciales, candeleros, hachas, malacates, yugos y sahumerios
El final Clásico para El Salvador fue similar como fue la decadencia de los mayas en ese periodo, pues muchas zonas fueron abandonas sea por el clima o causas bélicas. Sin embargo, una migración de nahuas sucedió poco después y el periodo Posclásico se ve influenciado por estas tribus en El Salvador. Las zonas a destacar fueron Tazumal, Las Marías y Loma China y su cerámica. Estos grupos también se vieron influenciados por aztecas que dominaron durante casi toda una mitad del Posclásico la zona mesoamericana, maya y todas las culturas que los mexicas predominaban. Los centros eran Chalchuapa, Uzulután, Cihuatán, Las Marías y Cihuatánn mientras que la zona oriental Tazumal, pero estas ciudades decayeron a mediados de este periodo, quedando durante este tiempo algo de los pueblos venidos de Mesoamérica y los de la zona centroamericana pueblos como los Náhuas pipiles, Kakawiras, Xincas, Mayas Chortis, Mayas Pokomames, Potones y Chorotegas.
El señorío Cuscatlán
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Fueron finalmente estos últimos emigrantes, los Náhuas pipiles, que fundaron el Señorío de Cuzcatlán entre los siglos XIV, XV e inicios del XVI. Este señorío fue una unión de diferentes pueblos que quedaron habitando el salvador, estos impusieron a una sociedad compleja divididos en los elites, sacerdotes y plebeyos, que venían siendo los humildes. Estos eran gobernados por la elite que eran las familias más ricas, cuyo líder era de una de estas, ese era el rey y el trono era hereditario solo con linaje masculino. La plebe por su parte, se dedicaban a al agricultura y ganadería y rendía tributo a los elites y sacerdotes; estos venían siendo los que encabezaban los ritos (muy influenciados de las culturas Mesoamericanas en cuyo aspecto de animalia destacaba el jaguar.), pero también asesoraban a la elite. Su religión tenía al dios Cē Ācatl Topiltzin, aunque también había muchas deidades mexicas. Los plebeyos venían siendo los que trabajaban, aunque mucho más los esclavos (que eran de otros pueblos conquistados) en el campo; mayormente frijoles, maíz y algunas frutas, comerciaban con gentes de Mesoamérica y Centroamérica a base de trueque y eran controlados por las elites. Por último, estaba el ejercito que defendían los intereses de la elite contra los pueblos cercanos como el Señorío Chort y Señorío Lenca.
La conquista
En 1492 llegaron los españoles encabezados por Cristóbal Colón, estos se establecieron en el Caribe durante la década y hicieron muchas exploraciones en Centroamérica. Una de ellas fue la de Gil González Dávila en 1522 en donde estaba Andrés Niño. Para este entonces los españoles ya estaban en la Conquista de México. En 1524 llegó Pedro de Alvarado, uno de los grandes conquistadores, sin embargo, no tuvo tantos ánimos en la zona. No como Gonzalo de Alvarado en 1528 que fundó San Salvador iniciándolo con una pequeña villa, esta fue refundad al siguiente año.
Por este año ya México había sido conquistado y Gran parte de Centroamérica, incluso habían sido anexados al nuevo virreinato creado por el emperador Carlos V. Por casualidad ya muchos españolen y conquistadores habían pasado el Salvador. Luis de Moscoso fundó San Miguel en 1530. Cinco años después el Señorío Lenca había fue conquistado.
A diferencia de otras naciones, las conquistad de las naciones de Centroamérica fueron un proseo muy lento. Centroamérica y parte de Norteamérica quedaron como parte del Virreinato de Nueva España con capital en lo que hoy es Ciudad de México mientras que en Sudamérica quedó el Virreinato del Perú con capital en Lima.
Dentro de estos virreinatos había reales audiencias y capitanías generales en segundo grado. El Salvador fue incorporado dentro de la administración de la Capitanía General de Guatemala que as u vez era parte del Virreinato de Nueva España. Estas capitanías generales se encargaban de las cuestiones militares y se ubicaban en las zonas con las tribus más bélicas, en efecto, la península de Yucatán era una de esas. Otro ejemplo de una capitanía general era la de Chile en Virreinato del Perú.
Los españoles tomaron posesión de a america con diversos fines sociales, religiosos y económicos. Establecían misiones en todas las zonas para criminalizar a los indios como primera parte para establecerse en una zona. Por esos años los españoles vieron en El Salvador una buena zona para el cultivo, por lo que ahí llegaron muchos españoles para tener vínculos con los indios, estos, sobre todo los más rebeldes. Se crearon ciudades y se empezaron a asentar españoles, incluso está la creación del Puerto de Acajutla. El Señorío Cuzcatlán había sufrido una disminución de la población debido a una guerra con los pueblos de la zona y a una viruela, sin embargo, los pueblos fueron pacificados por los españoles y luego sometidos por estos a rendir a la Corona.
En 1578 se incorporaron las provincias de San Salvador y la de Izalcos (que eran una provincia tal como la Provincia de San Miguel), como parte del Reino de Guatemala, ahora con la Alcaldía mayor de San Salvador y Alcaldía mayor de Sonsonate, ero mucho más importante el de San Salvador.
El Salvador fue uno de los terrenos de agricultura, aquí se usaban las encomiendas en donde los indios trabajaban y debían pagarle un impuesto al encomendero, sin embargo, hubo mucha corrupción y muchos indios fueron abusados porque los españoles no cumplían las Nuevas Leyes de Indias de 1542. Luego llegaron los esclavos negros que compraban a los portugueses, estos debido a la falta de mano de obra; estos en el salvador trabajaban mucho en el cultivo de añil. Sin embargo, había derechos para los indios y negros y finales del siglo XVI esto fue cambiando, sobre todo por los españoles protectores de indios.
En 1579 hubo ataques piratas mientras que, en 1781, Alonso de Nava se convierte en el primer alcalde de San Salvador. Durante el resto del siglo XVI, en lo que es El Salvador hubo un gran aumento económico debido cultivo y comercio del cacao y añil.
