Desde el siglo XVI lo que hoy es El Salvador ya era una colonia española, estaba dentro de uno de los dos virreinatos que existían hasta ese entonces, El Virreinato de Nueva España que incluía Centroamérica, parte de Norteamérica (concretamente lo que hoy es México), el Caribe y las Antillas. Dentro del virreinato había diversas entidades como la Real Audiencia de Guadalajara o la Capitanía General de Guatemala; El Salvador era parte de esta capitanía general y era administradas por varias entidades, la principal fue la Alcaldía mayor de San Salvador.
Los indios debían pagar impuestos con trabajos o con riquezas a base de encomiendas, sin embargo, hubo mucha corrupción y muchos indios fueron maltratados. La Nuevas Leyes de Indias no permitían el maltrato a los indios y la Iglesia de Roma mucho menos (los romanos eran y son los que regían la fe católica en casi toda Europa central y occidental, ahora está el Vaticano). Las encomiendas eran un trabajo que los indios hacían, normalmente trabajos forzados y difíciles como de campo y las minas, eran vigilados por un encomendero, a quien debían pagarle los impuestos, a cambio estos eran cristianizados y recibían un salario para su sustento y un horario de descanso. Poco después las encomiendas fueron desapareciendo y los trabajos eran voluntarios para los indios.
Como la Corona permitían los matrimonios (de otro modo no hubiese aumentado tanto la población debido a que los españoles eran en mayoría hombres) surgió el mestizaje en América, mestizo, hijo de español e indígena; mulato, hijo de español y africano; zambo, hijo de indígena y africano; y criollo, hijo de españoles en América. Los mestizos y criollos fueron en mayor medida en El Salvador, aunque también hay de los otros dos.
Pese al mestizaje, los altos cargos eran tomados por los españoles que habían nacido en España y casi todos eran elegidos por el rey, virrey y en ocasiones por el Consejo de Inedias, los más ricos solían ser los españoles venidos de la península. El comercio en EL Salvador era mucho más el cultivo, se comerciaba por el Puerto de Acajutla. Su administración caía sobre el virreinato, pero el comercio en sí era control de la Casa de Contratación de Sevilla, se intercambiaba o se usaban monedas de plata. A inicios de siglo fue muy común ataques de neerlandeses, ingleses en el puerto, por lo que la Armada de Barlovento era la que se encargaba de proteger estas mercancías.
En el año 1611 llegaron los primeros gobernadores de El Salvador para el control y mejoramiento de la zona, estos destacaban principalmente en San Salvador donde hicieron mejoras para mejorar la calidad de vida y servir a España
Hacia la década de 1620 y 1630 la economía de El Salvador empezó a disminuir considerablemente, probablemente fue mucho más por el crecimiento en México, Guatemala y Santo Domingo, por lo que hubo algunas migraciones hacia zonas más prosperas, por la corrupción y la piratería. Puerto de Acajutla quedó con pocas embarcaciones y con productos muy poco valorados y por los ataques piratas muy constantes por el Océano Pacifico, a excepción del añil, un producto muy típico de la época y muy compartible con clima tropical. De 1636 es San Vicente, por cierto.
A comparación de otras naciones, El Salvador fue muy dependiente del Virreinato de Nueva España, pues al ser una zona muy pequeña y poco valorada no tuvo muchos avances en muchos aspectos como en la ciencia, tecnología o educación. La escuela era totalmente un trabajo de las misiones o iglesias, ya la primera construcción de una universidad y teatro del territorio vino a aparecer veinte años después de su independencia. En literatura destacaron algunos jesuitas con temática religiosas, pero las primeras obras salvadoreñas lejanas a la religión fueron del siglo XVII y los primeros autores reconocidos del siglo XVIII.
En la década de 1640 empezó a ser muy común el bálsamo en los productos a producir, debido a la decadencia económica, estos productos funcionaron y el bálsamo hasta la fecha de hoy. En 1660 erupcionó el volcán de San Salvador y trajo ruinas a la capital. En las siguientes décadas la piratería tuvo un aumento perjudicable, por lo que los gobernadores adquirieron un perfil de defensa, se reforzaban las fortalezas del Puerto de Acajutla y se mejoraban el número de las guarniciones, destaca un experto en caballería Bartolomé Gálvez Corral, que era de la Orden de Santiago.
El final de la década marcó una enorme disminución de las encomiendas, sobre todo porque los pedían los virreyes de Nueva España y porque ya el trabajo en sí era más voluntario que obligatorio, aunque con los negros perduró un poco más. Como novedad literaria tiene como novedad Recordación Florida de Francisco Antonio de Fuentes y Guzmán que habla de Guatemala de ese entonces, un lugar muy parecido a lo que hoy es El Salvador. También es de ese siglo Historia verdadera de la conquista de la Nueva España
El silgo XVIII inició con algo muy importante en España, la Guerra de la Sucesión Española, una guerra contra Francia que trajo repercusiones en las colonias por los enemigos de aquel entonces, los ingleses, neerlandeses y portugueses que no dejaban de saquear las colonias. Y pasaba que para ese entonces los portugueses en Sudamérica franceses y británicos ya tenían posiciones en el Caribe, concretamente en lo que hoy es Haití con los franceses y los británicos en las Islas de Sotavento, Barbados, Bahamas, Jamaica, más tarde Belice; en ese entonces parte de Honduras y naturalmente en América del Norte.
En 1715 terminó la guerra con victoria de los Borbón, estos ahora tenían el control del Imperio Español. Eran tiempos de poca estabilidad económica debido a los ataques piratas y guerras españolas. De paso, años después, en 1722, el volcán de Santa Ana erupcionó por lo que el gobernador Francisco Antonio de Carrandi tuvo que mandar a reconstruir un puente en la zona.
Otra guerra para España había iniciado en estos años, la Guerra de la Cuádruple Alianza; cuatro potencias de Europa contra los españoles, sin embargo, esta no duró tanto como otras. Fueron años de crecimiento, por la década de 1730 la economía de El Salvador parecía estabilizarse con la producción del tinte índigo como tinte para hilos de algodón, y que hasta la fecha se utiliza principalmente en la producción de telas de mezclilla.
Es de la década de 1740 la Guerra del Asiento, otra guerra en donde se involucraba España y que traería ataques piratas a las colonias. A finales de la destaca de 1750 el alcalde fue destituido por corrupción junto a sus cómplices, también se cuenta que en estos años en El Salvador se empezó a producir café, algo que cambiaría el rumbo de la economía. También hubo otra guerra en donde se involucraba España, la Guerra de los Siete Años. También hubo algunas inundaciones en la década de 1760, así como las expulsiones jesuitas por parte de los españoles en las colonias.
Por estos años, concretamente por la década de 1770, sucedieron un montón de cosas, hay que saber primero que los Borbón ya venían imponiendo una serie de reformas en los virreinatos, una forma de medida para evitar que les pasara lo que le pasó a los británicos en Europa, pues los colones de las Trece Colonias se independizaron de la Gran Bretaña, esto es la Independencia de los Estados Unidos; como precaución, en sus reformas lo que básicamente hicieron fue quitarles a indígenas y criollos cargos importantes y solo dárselos a los españoles peninsulares. Además, habían sucedido muchos hechos que ahora son interpretados como los primeros intentos de independencia en las colonias hispanas.
Se dividieron los territorios en Intendencia, hacia mediados de la década de 1785, alcaldía mayor de San Salvador y la alcaldía mayor de San Miguel formaron la Intendencia de San Salvador. Normalmente los cargos de presidentes de reales audiencias, gobernadores, virreyes y visitadores eran cargos de españoles peninsulares; con las intendencias también se pretendió lo mismo, pero no terminó siendo de tal modo, por lo que algunos criollos gobernadores algunas intendencias, en El Salvador fue de este modo en peculiares casos.
El final de década fue alarmante con la Revolución Francesa, pero en América era más alarmante los impuestos de alcabala, en los que algunos productores eran muy caros a ojos de indígenas, negros, mestizos, mulatos, criollos y españoles pobres. Fueron estas reformas que condujeron a que en el siglo XIX surgieran las independencias.
