En 1600 llegó Miguel de Ibarra, con él la industria textil mejoró más, sobre todo en Guayaquil y se empezaron a establecer más fábricas y molinos textiles, también las minas de Zaruma generaban buenos ingresos por lo que se empeñaron en explotarlas. Se implementaron más plantaciones de azúcar donde llegaron a trabajar negros africanos. Fue a estos negros que les dieron libertad gracias a unos mulatos de los que habían llegado de Cartagena de Indias. El gobernador aprovechó cuando el virrey Gaspar de Zuñiga murió para imponer algunas reformas en la zona; mejoró el trato a los indios dándoles comida, un mejor salario y más tiempo de descanso; dio títulos nobiliarios y se ganó el respecto de los indios, esto no lo hubiese podido hacer sin el consentimiento del virrey del Perú, pero en ese tiempo no lo hubo. Su mandato se extendió por todo el virreinato por haber sido uno de los mejores, y por su mandato este siglo en Ecuador prácticamente se bio beneficiado por buenos gobernadores y avance abismal en la calidad de vida en la zona. Por ello se le llama “el Siglo de Oro de la Audiencia de Quito”, de ahí que por cosas culturales en este siglo tomó importancia los gobernadores escolásticos. Ibarra fue alguien de letras y en su sombre fundó San Miguel de Ibarra. En los años finales de su mandato hubo algunas misiones jesuitas.
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Fue remplazado tras su muerte a finales del 1608 por Juan Fernández de Recalde que es muy conocido porque inauguró, con el apoyo de los nuevos jesuitas, la advocación de la Virgen de los Dolores y el levantamiento de una iglesia a Nuestra Señora El Cisne. En 1612 promovió el traslado administrativo del Sello Real al Palacio de Carondelet y la mudanza de las casas reales, este palacio se gobernaría a partir de entonces. Se hicieron algunas mejoras arquitectónicas en Quito, pues eran tiempos del Siglo de Oro.
En 1615 Antonio de Morga Sánchez Garay tomó el cargo por veinte años, siendo hasta el momento el gobernador con más tiempo en el cargo. Este señor había sido oidor de Filipinas (que era una colonia española en esos años) y era conocido porque se lo tomaba todo con tranquilidad. Sus primeros años se dedicó a mejorar la industria textil, echando a todos esas personas que querían adueñarse del comercio en Quito, pues así solo se limitaban a servir con lo justo a la Corona. Sin embargo, no le fue fácil luchar con personas de gran poder económica en la zona.
Fundó una ciudad en lo que hoy es la bahía de Caráquez, construyó obras públicas, carreteras, edificaciones y embelleció la ciudad. Mejoró algunos puertos como el de Caraquez y el de Guayaquil por su gobernador.
El obraje pasó a tomar mucha importancia en Quito, siendo la principal producción de la zona. La administración en sí, venía de España donde el centro de todo era el rey, este tenía la real cedula que básicamente dictaban las ordenes del rey. El Consejo de Indias era dedicado a las cuestiones de América y tenía diversas funciones en la administración y las entidades, dependió mucho del tiempo. Le seguían luego los virreinatos como el del Perú, capitanías generales como la de Chile, gobernaciones y reales audiencias como las de Quito y corregimientos como el Cuenca o Guayaquil. Entas entidades se dividían en ciudades, comunas, provincias, municipios, villas, corregidores, o barrios llamados republicas o establecimientos.
El comercio lo tenía por completo España, La Casa de Contratación de Sevilla tenía el control desde España, ahí se administraba todo el comercio. Se empezaron a crear en los virreinatos tribunales de cuenta, una especie de medida de anticorrupción. Se usaba el trueque para el comercio y también monedas de plata. Los mayorees ingresos venían de las minas, textilería, agricultura e impuestos. Los impuestos venían de los productos o de las obligaciones de los indios, pero no fue siempre de este modo. Los impuestos solían pagarlos los indios con el trabajo, estos obtenían un salario a cambio de su sustento. Aunque varió poco con el lugar, los españoles (encomenderos) abusaron de esto y hubo mucho maltrato a los indios. Sin embargo, existían protectores de indios y poco más adelante los encomenderos debían entrar a un juicio para ver si había hecho bien su trabajo. Las encomiendas desaparecerían por completo a finales del siglo XVIII, pero en ecuador un poc antes debido al incremento abismal del obraje.
Los productos que comerciaba España eran administrados por las entidades del virreinato y en ellos había gentes especializadas donde trabajaban las clases bajas. De aquí salían los mejores productos y esos iban a parar a los puertos con rutas a España.
Estos barcos encargados de transportar los productos eran elegidos y hechos por la Casa de Concentración y eran administrados por hombres y guarniciones especializadas. Además, debían contar con la protección de una armada, fuera la Armada de Barlovento, la Armada del Mar del Sur o cuando se trataba de oro o plata ya lo hacía la Armada Invencible de España; pues los piratas ingleses, neerlandeses, portugueses y en menor medida franceses eran una amenaza constante en los mares, bahías, puertos y ciudades importantes. En Ecuador toma importancia el puerto de Guayaquil junto a la Isla de Puná.
Estaban, como creo que ya se sabe, los caucásicos (blancos europeos venidos de Europa), criollos (hijos españoles pero nacidos en América) nativos americanos o amerindios, mestizos (hijos de españoles con nativas), negros africanos, mulatos (hijos entre blancos y negros), y zambos (hijos entre nativos y negros). La Corona permitía el matrimonio racial, de otro modo no hubiese habido mestizaje. En Ecuador fue muy común el mestizaje y se debió a que los españoles fueron mayormente hombres y estos tenían hijos con nativas y negras. A finales del siglo XVII los mestizos e indios eran mucho mayores en número que los españoles, esto varía de un 70% a un 80%.
Los negros en el Ecuador trabajaron en las minas y la agricultura y estos podían pagara su libertad. Habían unos que se libraban de la esclavitud de diversas formas, como por medio de un matrimonio o habiendo cumplido el tiempo límite, pues no toda la vida debían trabajar. El tiempo era de cuatro a siete años, pero a veces los españoles pasaban ese tiempo límite y les obligaban a seguir trabajando con el temor de no ser maltratados.
Luego estaba el comercio, en donde se les daban tierras a indios importantes como los caciques (jefes de barrio o republica) que básicamente eran hombres fieles a la corona. Estos indios que recibían tierras debían pagar impuestos y también sacar su sustento. La mayoría de los productos que compraban los indios eran de tiendas de indios, pero con el tiempo las tiendas de españoles e indios se mesclaron cuando españoles e indios dejaron de vivir en poblados aparatados. Luego estaban los indios con algún oficio, pues estos tenían muchos más derechos (como ser libres de las encomiendas). Podrían ser artesanos, zapateros, metalúrgicos, administrativos o ricos e incluso llegaban a trabajar en empresas españolas importantes. Los caiches y punáes destacan por sus grandes extensiones de tierra y sus riquezas en la época colonial del Ecuador.
Aunque creo que lo saben, la evangelización fue uno de los aspectos importantes, todos los indios tenían obligación de aceptar la fe católica; esto era un trabajo de las misiones, las que más destacaban eran las jesuitas, franciscanas y dominicas. Las iglesias solían servir como escuelas, pero con el tiempo se hicieron escuelas apartes como el Colegio Franciscano de San Andrés, También hubo muchas en donde estudiaban indios, españoles y mestizos. La Universidades en Ecuador empezaron a fundarse desde el siglo XVI. Es de 1620 la Universidad Central del Ecuador. Destaca el jesuita Juan Perlin y su Apologia scholastica, sive controversia theologica en los tiempos escolásticos de la Real Audiencia de Quito
En la literatura del siglo XVII de Ecuador destacó Jacinto de Evia, Antonio de Bastidas, José de Villamor Maldonado, Mariana de Jesús Paredes (no era poeta, era una santa) y Flores y Jacinto Collahuazo. Este último muy querido por los indígenas. Aunque no fueron los más populares, los poetas y escritores españoles destacaron mucho por sus obras en los virreinatos como Francisco de Quevedo con La vida del Buscón, Miguel de Cervantes con El ingenioso hidalgo don Quijote de la Mancha, Luis de Góngora con Fabula de Polifemo, entre oros influyentes en el Siglo de Oro. También algunos criollos o mestizos como María Rojas de Garay, Juan del Valle y Caviedes, Garcilaso de Vega o Jun de Torquemada.
En 1624 hubo problemas en Guayaquil por los ataques holandeses al mando de Jacobo L’Heremite junto a una serie de vanidades llevaron al arresto al gobernador en 1626, sin embargo, fue liberado y gobernó hasta 1635.
En estos años toma importancia al Gobierno de Caráquez (hoy Manabí), pues hubo una alta producción de cacao, algodón y cítricos, por lo que fue significativo por la crisis que pasaba España, pues el puerto de Caráquez transportaba importante mercancía que venía de Quito. Esta zona toma importancia y rápidamente su población creció, por lo que se hicieron carreteras y arquitecturas para mejoras el comercio de Quito, por ello se hizo el camino de Quito a Caráquez. Este puerto tuvo grandes enlaces con el Collao en Perú y el puerto de Panamá. Así mismo la relación de Puerto Viejo con Guayaquil. En guayaquil se exportaba mayormente (no solo en el siglo XVII) jarcia, café, maderas finas, aguardiente, vino, hierro, ropa de Castilla, pasas, higos, zarzaparrilla, tabaco, añil, alquitrán y azúcar.
A Antonio de Morga le sucedió Alonso Pérez de Salazar que era el presidente de la Real Audiencia de Quito. Reinado fue de relativa paz si ignoramos sus conflictos personales con los miembros de la Real Audiencia de Quito y los incendios en Guayaquil. Los dominicos tuvieron popularidad en el Ecuador en esos tiempos porque enseñaban latín, quechua y la cátedra, filosofía y teología.
En 1542 le remplazó Juan de Lizarazu que duró solo tres años, años de paz y condolencias por la muerte de la santa Mariana. También en su reinado se escribió el Obligaciones y excelencias de las tres órdenes militares Santiago, Calatrava y Alcántara. Otro gobernador de letras fue Martín de Arriola que llegó en 1645, hizo muchas cosas en los tiempos de paz. En esos años se marcaron los limites entre España y Portugal en el Sur de América.
En 1554 llegó Pedro Vásquez de Velasco y Esparza que a su llegada uno de los barcos que transportaba mercancías a España se hundió en Guayaquil por lo que se siguió mejorando el puerto con nuevas fortificaciones. También tuvo lugar la erupción del volcán Pichincha cuya lava llegó hasta Quito. No fue un buen gobierno, pero como era tradición, en la literatura destaca Gaspar de Villarroel que escribiría Gobierno Eclesiástico Pacífico. El criollo Antonio Fernández de Heredia le siguió en 1662 y en la alta cultura del Ecuador quedó su libro Disputationes theologicas in primam partem divi Thomae.
Entre 1665 y 1670 no hubo un gobernador, Diego del Corro y Carrascal llegó en 1670 y tomó el cargo. Los franciscanos y jesuitas destacaron en su mandato y toma importancia el pintor Miguel de Santiago. También tomó importancia la música que desde el siglo anterior era muy popular en Quito y las corridas de toro. En lo belico hubo algunos ataques de piratas en Guayaquil que normalmente atacaban Cartagena de Indias.
Lope Antonio de Munive tomó el cargo en 1677, quien fue nombrado por el rey de España, lo que le dio más confianza de lo habitual. Fue influyente, pero no tan querido como otros. Se hicieron muchas cosas, como nuevas cátedras, especialmente de medicina. También están las campañas de fundación para el Colegio de San Fernando y la epidemia de 1680 y 1593 que azotó varias ciudades de la zona. Apoyó la música y literatura, destacando Manuel Blasco, también hizo mucho por los indios ayudando a los pobres y quitando encomiendas. Fue más querido tras su muerte, pues había durado casi dieciocho años. Durante su reinado hubo muchos ataques piratas como el de ataques de William Dampierre en 1684 o el de François Grogniet, Pierre le Picard y George Hout (d’Hout) en 1687. Esto produjo el traslado de Guayaquil.
Mateo de la Mata y Ponce de León le remplazó en 1691, y con él la economía mejoró, pues esta había bajado considerablemente por el fenómeno del niño, terremotos, sequias y epidemias durante la década de 1690. Por fin, en esos años, se construyó el Colegio de San Fernando y se quitó el quechua de las universidades. En 1701 inició la Guerra de la Sucesión Española que traería problemas en el virreinato del Perú.
